蒙古侵占中国，占领今南京城，改建康路为集庆路。直到朱元璋收复后，驱除鞑虏，恢复中华，改为应天府，以南京为京师。南京之名始于明朝。朱元璋为什么要以应天府、南京命名呢？原来，元朝末年，刘福通将韩山童的儿子韩林儿从砀山夹河迎至亳州称帝，国号大宋，改元龙凤，各地红巾军一时都接受了大宋领导。
当时为推翻蒙古，是以“复宋”为口号，所以朱元璋收复南京后，改为应天府。
应天之名，上溯到宋朝的南京应天府，“应天”意指“上应天意”。
有南京，自然就有北京，而当时的北京，不是现在的北京市，而是开封，也就是北宋时期的都城。
朱元璋建都南京后，还有向北迁都的打算，他理想中的京师是开封，所以暂且将开封府称北京。洪武元年三月，他亲赴汴梁作实地考察，觉得汴梁地处中原，位置适中，决心在此建都，定之为"北京"。
但后来，朱元璋渐渐淡去了迁都开封的念头，遂去掉开封的“北京”称号，洪武十一年，南京改称京师。直到燕王朱棣发动靖难之役，攻占京师，夺取帝位，初时也定都南京。而北平“地势雄伟，山川巩固，四方万国，道里适均”，若迁都于此，即可以抵御蒙古贵族的威胁，又可以占据有利地形，控制南方各地。所以，天子守国门，朱棣迁都北京，改北平府为顺天府。宋朝，南京应天府，这个城市就是今日的河南省商丘市。
商丘历史悠久，可以说是苏鲁豫皖四省交界的城市中，历史最悠久，历史上城市地位最高的城市。其位于河南省东部，是国家历史文化名城，是中华优秀传统文化、华夏文明和中华民族的重要发祥地之一，中国重要古都城，是“商祖、商人、商业、商品、商文化”的发源地，中华始祖、三皇之首燧人氏在这里发明了钻木取火，帝喾高辛氏封于高辛（今商丘高辛镇），为天下共主。素有“中国火文化之乡”“汉兴之地”“两宋龙潜之地”之称。
周朝时期，周成王封殷商后裔微子启于商，称宋国，都宋城。秦朝时期，设置砀郡，汉朝为豫州梁国，隋朝置宋州。
宋太祖赵匡胤称帝前曾任归德军（宋州）节度使，所以称帝后，取国号为“宋”，宋真宗景德三年升为应天府，大中祥符七年建为南京。
宋朝的南京（今商丘）地处大运河通济渠（汴河）之畔，咽喉要道，四通八达，上通东京开封，下连宿州，漕运发达。
如今的商丘市，还保留了归德府城池，归德府，是元军攻陷宋朝南京，改称名为归德府，下辖徐州、宿州、邳州、亳州、萧县、灵璧、下邳、睢宁、宿迁、鹿邑等州县。
现存地上的归德府城于明朝弘治十六年开建，于明朝正德六年竣工，距今已有500余年的历史。现存归德府城之下同时叠压着明朝弘治十六年之前元朝时期修建的归德府城、北宋时期的应天府南京城、隋唐时期的宋州治所宋城、秦汉时期的梁国国都睢阳城、周朝时期的宋国都城等6座都城、古城。