普陀山志中有一段性统禅师《智祖残碑重记》，文曰：“普陀法雨寺，创自大智祖师，当其示寂之日，告众曰：‘兹地，乃大士现灵之所。老僧开此道场，庄严香火，以事方肇造，未能极尽规模，今已矣！待百年后，再来重兴耳，汝等记之’。”
开寺大师 逝世前预言百年之约
揭开百年谜团，待先从开寺大师大智真融说起。大智真融（1524－1592），楚之麻城人（今湖北麻城市），15岁出家于本邑定慧寺，侍师数年，潜心教典。明万历八年(1580) 自四川东来普陀礼佛，见光熙峰泉石幽胜，便结茅于岩穴，藉草趺坐，饥餐野草，日诵《金刚经》，倡导律义，戒德精严，德行远播。遂在光熙峰下建楼数楹，题名“海潮庵”。万历二十年(1592) 五月三日，自知将寂，告众说：“寺院后当遭火……百年后，吾再来重兴耳。”趺坐而逝，世寿69岁。
大智真融为今法雨寺开寺之祖，而他“百年后，吾再来重兴耳。”的承诺，不得不让后人考究法雨寺百年沧桑历史。百年间，从海潮寺、护国永寿镇海禅寺，直至法雨寺。大智真融示寂后，住持换了19位，史料记载毁寺火灾四次，海禁迁寺，虽历有住持僧人兴寺之举，而真正兴复法雨寺的高僧，当推别庵性统。
百年期到 别庵性统应验约定
别庵俗姓龙，蜀高梁(今四川梁山县)人。12岁出家，22岁受具戒。康熙二十六年(1687)，别庵性统被推荐出任法雨寺住持。当别庵性统到寺后，但见“荆榛满目、瓦砾成邱”，又见所内悬挂着大智真融的画像，充满着颖智和生气。明益普容禅师告知别庵：“大智真融禅师圆寂时，曾告知僧众，此寺将经受火灾，请把我的画像预先转移到别的地方，一百年后，我又会来重兴此寺的。现在你来了，距大智真融禅师圆寂，也差不多百年了。”
别庵性统带着诸多疑惑当起了住持。传说，有一天，别庵性统在雪浪山麓散步，经过大智真融的灵塔时，在一块地面干净处盘腿趺坐。忽见塔身的苔鲜缺破处，隐隐显出笔画来。别庵性统心中欣喜，磨掉苔鲜露出三十一行字来，他细细辨认，只见上书——
大智融禅师塔铭
五月三日午时趺而逝
越明年癸巳，
皇太后复命吴某等，
奏请金币香幡供殿，
兼为建塔…
别庵大师推算出大师圆寂在当年壬辰（1592年五月），距当时正好一百年。“待百年后，再来重兴耳”，这句话果然应验了。别庵性统想：我就是大智禅师的再世了，似乎冥冥中佛祖已有安排，便对重兴寺庙充满了信心和责任。
康熙南巡 借此机遇重兴法雨
兴复寺庙，需要巨额资金，别庵性统除了自己发奋努力之外，还需要等待机遇。这个机遇就是康熙二十八年（1689）南巡的故事了。史料记载：康熙二十八年（1689）春，帝南巡，檄定海总兵黄大来保驾，黄乘间奏普陀废状，帝赐金千两，修复前后两寺大圆通殿。此后，康熙与别庵性统及普陀山故事却越来越多。别庵入京祝寿，被8次召见，9次进诗，凡所启请，无不应允，赐翰赐紫，为自古宠幸所未有。
康熙三十八年（1699）四月，康熙御批拆南京明故宫旧殿，移建后寺，重建为圆通宝殿（又称九龙殿），发南京城内琉璃瓦１２万张盖两寺主殿。御书“普济群灵”额赐 前寺，“天花法雨”额赐后寺；改前寺名“普济禅寺”，改后寺名“法雨禅寺”。
自大智真融圆寂（1592），至别庵性统在雪浪山发现大智真融大师塔铭，立志重建，正好近百年，应证了“待百年后，再来重兴耳”的预言。
后寺当初是海潮，禅师驻锡尚萧条。
于今法雨缤纷下，朵朵天花破寂寥。
—— 清祝德风《法雨寺》
