清初，一些反清力量和明朝遗臣在南方拥立明宗室亲王为帝，史称“南明”，后期永历帝入滇，以昆明为根据地抗击清军；顺治十七年即公元1660年，清军进驻昆明，永历帝及其随员逃至缅甸；康熙元年即公元1662年，永历帝朱由榔及其子被吴三桂从缅甸逮回，绞死在昆明金蝉寺；清平西王吴三桂绞杀永历帝后统治云南23年，拥兵自重，割据一方，把云南变成“独立王国”、“土皇帝”，政治上自选官员，经济上横征暴敛，军事上养兵10万余人，康熙十二年即公元1673年，吴三桂叛乱，康熙二十年即公元1681年，清廷平定吴三桂等藩王叛乱，使历时8年的“三藩之乱（平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿精忠）”结束；此后，清朝大量移民入滇，并推行“改土归流”，边疆部分地区仍保留土司制度；云南省在清初设永昌道，雍正八年即公元1730年改永昌道为迤西道，增设迤东道；乾隆三十一年即公元1766年，在迤东道增设迤南道，把云南府和武定府划归驻昆明的储粮道管辖；鸦片战争之后，云南被英、法帝国主义划分为其势力范围,，云南人民为此与帝国主义展开了一系列的英勇斗争；光绪十三年即公元1885年，增设临安开广兵备道，驻蒙自城，辖临安、开化、广南三府，又把迤西道的顺宁府、景东直隶厅、新建的镇边直隶厅划归迤南道管辖；清朝时期清政府将原属四川的东川、乌蒙、镇雄3地划归云南，使云南的疆域较明朝时期有所扩大，在行政建制上基本沿袭明朝，省下设府、州、县3级，在省与府之间设有分守道、分巡道等，后又增设了厅的建制，在边远地区仍保留了土司制度，政区建置在不同的时期有所不同，宣统三年即公元1911年，全省共设置15府，19厅，28州，45县，另有27个土司区，同年，蔡锷、唐继尧发动重九起义，推翻了清政府在云南的统治。
清代云南政区建置：
（一）道辖府设置情况
迤东道：驻寻甸城，辖曲靖府、广西府（后改直隶州）、广南府、开化府、瀓江府、昭通府、东川府
迤南道：驻普洱城，辖普洱府、镇沅府（后改直隶州）、元江府（后改直隶州）、临安府
迤西道：驻永昌城，辖永昌府、顺宁府、景东府（后改直隶州）、楚雄府、姚安府（后并入楚雄府）、大理府、蒙化府（后改直隶州）、丽江府、鹤庆府（后并入丽江府）、北胜府（后改永北直隶厅）
储粮道：驻昆明，辖云南府、武定府（后改武定直隶州）
（二）府辖县、州、厅设置情况
云南府：辖昆明县、富民县、宜良县、罗次县（今禄丰县北之碧城）、呈贡县【康熙八年，明朝时期的归化县（今马金铺，亦称化城）并入呈贡县】、禄丰县、易门县、嵩明县、晋宁县、安宁县、昆阳州
澄江府：辖河阳县（今澄江县）、江川县、新兴州（今玉溪红塔区）、路南州（今石林县）
广西府：辖师宗县、弥勒县、丘北县
广南府：辖宝宁县（今广南县）、土富州（今富宁县）
曲靖府：辖南宁县（今曲靖市）、平彝县（今富源县）、沾益州、宣威州、陆良州、马龙州、罗平州、寻甸州
昭通府：辖思安县（今昭通市）、永善县、靖江县（今绥江县）、鲁甸厅、大关厅
镇雄直隶厅：辖威信州判（今威信县）、彝良州
东川府：辖会泽县、巧家厅
楚雄府：辖楚雄县、定远县（今牟定县）、广通县（今禄丰敦仁）、大姚县、南安州（今双柏县）、镇南州（今南华县）、姚州（今姚安县）
武定直隶州：辖元谋县、禄劝县
大理府：辖太和县（今大理）、云南县（今祥云）、浪穹县（即洱源）、十二长官司（今宾川县楚场）、宾川州、赵州（今大理凤仪）、邓川州（今洱源邓川）、云龙州
蒙化直隶厅（今巍山）
丽江府：辖丽江县、维西厅、中甸厅、鹤庆州、剑川州
永北（今永胜）直隶厅：辖华坪县、蒗蕖土州（今宁蒗县）、永宁土府（今宁蒗县北部永宁）
景东直隶厅（今景东县）
镇沅直隶厅：辖恩乐县
元江直隶厅：辖新平县
镇边直隶厅（今澜沧县）
永昌府：辖保山县、永平县、腾越厅、龙陵厅、镇康土州、湾甸土州（今昌宁县湾甸）、孟定土府（今耿马县内）、孟连长官司、潞江安抚司（今保山县怒江坝）、南甸宣抚司（今德宏州梁河县）、盏达副宣抚司（今德宏州盈江县西部）、干崖宣抚司（今德宏州盈江县东部）、户撒长官司（今德宏州陇川县户撒）、腊撒长官司（今德宏州陇川县腊撒）、陇川宣抚司（今德宏州陇川县）、勐卯安抚司（今德宏州瑞丽市）、遮放副宣抚司（今德宏州潞西遮放）、芒市安抚司（今德宏州芒市）、鲁掌土千总（今泸水县城附近之鲁祖）、登梗土千总（今泸水县南之登梗）、六库土千总（今泸水县府驻地）、卯照土千总（今保山市卯照）
顺宁府：辖顺宁县（今凤庆县）、云州（今云县）、缅宁厅（今临沧市）、耿马安抚司
普洱府：辖宁洱县、思茅厅、威远厅（今景谷县）、他郎厅（今墨江 ）、车里宣慰司（今西双版纳）
临安府：辖建水县、通海县、河西县、蒙自县、嶍峨县、宁州（今华宁县）、石屏州、阿迷州（今开远市）、纳楼甸长官司（今建水县官厅）、思陀甸长官司（今红河县西南之思陀）、左能甸长官司（今红河县西南之左能）、落恐甸长官司（今红河县西南之落恐）、溪处甸长官司（今红河县南之溪处）、瓦渣甸长官司（今红河县之架七牛威一带）、亏容甸长官司（今红河县东南下亏容）
开化府：辖文山县、安平厅（今马关县）
